source/posts/using_R_to_automate_reports.org

   1 #+date: 2016-10-10 21:48:11 +0800
   2 #+title: Using R to automate reports
   3 #+filetags: R code automation
   4
   5 A lot of information on [[https://cran.r-project.org/web/packages/knitr/index.html][knitr]] is
   6 centered around using it for reproducible research. I've found it to be
   7 a nice way to make abstraction of mundane reporting though. It is as
   8 easy as performing the necessary data extraction and manipulation in an
   9 R script, including the creation of tables and graphs.
  10
  11 To develop the report template, simply =source= the R script within an
  12 Rmd one, per the example template below:
  13
  14 #+BEGIN_SRC R
  15 :PROPERTIES:
  16 :CUSTOM_ID: format-r
  17 :END:
  18 title: "My report" date: "=r Sys.time()=" output: pdf_document ---
  19
  20 ={r setup, include=FALSE} library(knitr) knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) source('my-report.R')=
  21
  22 Include some text about your report.
  23
  24 ##Add a title.
  25
  26 Some further text.
  27
  28 ={r, echo=FALSE} plot(my-plot-object) kable(my-df-or-table)=
  29 #+END_SRC
  30
  31 When you are ready to create the report, the convenience of
  32 [[https://cran.r-project.org/web/packages/rmarkdown/][RMarkdown]] is
  33 hard to beat:
  34
  35 #+BEGIN_SRC bash
  36 R -e "rmarkdown::render('_{/my-report.Rmd',output_file='}/my-report.pdf')"
  37 #+END_SRC
  38
  39 Thanks to the YAML header at the start of the report template,
  40 information like the report's title and target output format don't need
  41 to be mentioned. This command can easily be scripted a bit further to
  42 include a date-time stamp in the output filename for instance, and
  43 scheduled using =cron=.