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@@ -13,27 +13,31 @@ ikiwiki --setup configfile
 `ikiwiki` is a wiki compiler. It builds static html pages for a wiki, from
 `source` in the [[MarkDown]] language, and writes it out to `destination`.
 
-# OPTIONS
-
 Note that most options can be shortened to single letters, and boolean
 flags such as --verbose can be negated with --no-verbose.
 
-* --wikiname
+# MODE OPTIONS
 
-  The name of the wiki, default is "wiki".
+These options control the mode that ikiwiki is operating in.
 
-* --verbose
+* --refresh
 
-  Be vebose about what it's doing.
+  Refresh the wiki, updating any changes pages. This is the default
+  behavior so you don't normally need to specify it.
 
 * --rebuild
 
   Force a rebuild of all pages.
 
-* --templatedir
+* --cgi
 
-  Specify the directory that the page [[templates]] are stored in.
-  Default is `/usr/share/ikiwiki/templates`.
+  Enable [[CGI]] mode. In cgi mode ikiwiki runs as a cgi script, and
+  supports editing pages, signing in, registration, and displaying
+  [[RecentChanges]].
+
+  To use ikiwiki as a [[CGI]] program you need to use --wrapper or --setup
+  to generate a wrapper. The wrapper will generally need to run suid 6755 to
+  the user who owns the `source` and `destination` directories.
 
 * --wrapper [file]
 
@@ -46,6 +50,44 @@ flags such as --verbose can be negated with --no-verbose.
 
   Note that the generated wrapper will ignore all command line parameters.
 
+* --setup configfile
+
+  In setup mode, ikiwiki reads the config file, which is really a perl
+  program that can call ikiwiki internal functions.
+
+  The default action when --setup is specified is to automatically generate
+  wrappers for a wiki based on data in a config file, and rebuild the wiki.
+  If you also pass the --refresh option, ikiwiki will instead just refresh
+  the wiki described in the setup file.
+
+  [[ikiwiki.setup]] is an example of such a config file.
+
+# CONFIG OPTIONS
+
+These options configure the wiki.
+
+* --wikiname
+
+  The name of the wiki, default is "wiki".
+
+* --fixctime
+
+  Pull last changed time for all pages out of the revision control system.
+  This rarely used option provides a way to get the real creation times of
+  items in weblogs, for example when building a wiki from a new subversion
+  checkout. It is unoptimised and quite slow.
+
+* --templatedir
+
+  Specify the directory that the page [[templates]] are stored in.
+  Default is `/usr/share/ikiwiki/templates`.
+
+* --underlaydir
+
+  Specify the directory that is used to underlay the source directory.
+  Source files will be taken from here unless overridden by a file in the
+  source directory. Default is `/usr/share/ikiwiki/basewiki`.
+
 * --wrappermode mode
 
   Specify a mode to chmod the wrapper to after creating it.
@@ -66,15 +108,8 @@ flags such as --verbose can be negated with --no-verbose.
 
 * --rss, --norss
 
-  If rss is set, along with every html page rendered by ikiwiki, an rss
-  page will also be rendered, to allow users to subscribe to a rss feed of
-  changes to that page.
-
-* --cgi
-
-  Enable [[CGI]] mode. In cgi mode ikiwiki runs as a cgi script, and supports editing pages, signing in, registration, and displaying [[RecentChanges]].
-
-  To use ikiwiki as a [[CGI]] program you need to use --wrapper to generate a wrapper. The wrapper will generally need to run suid 6755 to the user who owns the `source` and `destination` directories.
+  If rss is set, ikiwiki will generate rss feeds for pages that inline
+  a blog.
 
 * --url http://someurl/
 
@@ -108,17 +143,14 @@ flags such as --verbose can be negated with --no-verbose.
   Currently allows locking of any page, other powers may be added later.
   May be specified multiple times for multiple admins.
 
-* --setup configfile
+* --hyperestraier
 
-  In setup mode, ikiwiki reads the config file, which is really a perl
-  program that can call ikiwiki internal functions. Uses of this are
-  various; the normal one is to automatically generate wrappers for a
-  wiki based on data in a config file.
-  
-  Note that the wiki will be (re)built as part of the setup process to
-  ensure that any changes take effect.
+  Enables use of the [[HyperEstraier]] search engine for full test page
+  searches.
 
-  [[ikiwiki.setup]] is an example of such a config file.
+* --verbose
+
+  Be vebose about what it's doing.
 
 # AUTHOR