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@@ -13,27 +13,31 @@ ikiwiki --setup configfile
 `ikiwiki` is a wiki compiler. It builds static html pages for a wiki, from
 `source` in the [[MarkDown]] language, and writes it out to `destination`.
 
 `ikiwiki` is a wiki compiler. It builds static html pages for a wiki, from
 `source` in the [[MarkDown]] language, and writes it out to `destination`.
 
-# OPTIONS
-
 Note that most options can be shortened to single letters, and boolean
 flags such as --verbose can be negated with --no-verbose.
 
 Note that most options can be shortened to single letters, and boolean
 flags such as --verbose can be negated with --no-verbose.
 
-* --wikiname
+# MODE OPTIONS
 
 
-  The name of the wiki, default is "wiki".
+These options control the mode that ikiwiki is operating in.
 
 
-* --verbose
+* --refresh
 
 
-  Be vebose about what it's doing.
+  Refresh the wiki, updating any changes pages. This is the default
+  behavior so you don't normally need to specify it.
 
 * --rebuild
 
   Force a rebuild of all pages.
 
 
 * --rebuild
 
   Force a rebuild of all pages.
 
-* --templatedir
+* --cgi
 
 
-  Specify the directory that the page [[templates]] are stored in.
-  Default is `/usr/share/ikiwiki/templates`.
+  Enable [[CGI]] mode. In cgi mode ikiwiki runs as a cgi script, and
+  supports editing pages, signing in, registration, and displaying
+  [[RecentChanges]].
+
+  To use ikiwiki as a [[CGI]] program you need to use --wrapper or --setup
+  to generate a wrapper. The wrapper will generally need to run suid 6755 to
+  the user who owns the `source` and `destination` directories.
 
 * --wrapper [file]
 
 
 * --wrapper [file]
 
@@ -46,6 +50,44 @@ flags such as --verbose can be negated with --no-verbose.
 
   Note that the generated wrapper will ignore all command line parameters.
 
 
   Note that the generated wrapper will ignore all command line parameters.
 
+* --setup configfile
+
+  In setup mode, ikiwiki reads the config file, which is really a perl
+  program that can call ikiwiki internal functions.
+
+  The default action when --setup is specified is to automatically generate
+  wrappers for a wiki based on data in a config file, and rebuild the wiki.
+  If you also pass the --refresh option, ikiwiki will instead just refresh
+  the wiki described in the setup file.
+
+  [[ikiwiki.setup]] is an example of such a config file.
+
+# CONFIG OPTIONS
+
+These options configure the wiki.
+
+* --wikiname
+
+  The name of the wiki, default is "wiki".
+
+* --fixctime
+
+  Pull last changed time for all pages out of the revision control system.
+  This rarely used option provides a way to get the real creation times of
+  items in weblogs, for example when building a wiki from a new subversion
+  checkout. It is unoptimised and quite slow.
+
+* --templatedir
+
+  Specify the directory that the page [[templates]] are stored in.
+  Default is `/usr/share/ikiwiki/templates`.
+
+* --underlaydir
+
+  Specify the directory that is used to underlay the source directory.
+  Source files will be taken from here unless overridden by a file in the
+  source directory. Default is `/usr/share/ikiwiki/basewiki`.
+
 * --wrappermode mode
 
   Specify a mode to chmod the wrapper to after creating it.
 * --wrappermode mode
 
   Specify a mode to chmod the wrapper to after creating it.
@@ -66,15 +108,8 @@ flags such as --verbose can be negated with --no-verbose.
 
 * --rss, --norss
 
 
 * --rss, --norss
 
-  If rss is set, along with every html page rendered by ikiwiki, an rss
-  page will also be rendered, to allow users to subscribe to a rss feed of
-  changes to that page.
-
-* --cgi
-
-  Enable [[CGI]] mode. In cgi mode ikiwiki runs as a cgi script, and supports editing pages, signing in, registration, and displaying [[RecentChanges]].
-
-  To use ikiwiki as a [[CGI]] program you need to use --wrapper to generate a wrapper. The wrapper will generally need to run suid 6755 to the user who owns the `source` and `destination` directories.
+  If rss is set, ikiwiki will generate rss feeds for pages that inline
+  a blog.
 
 * --url http://someurl/
 
 
 * --url http://someurl/
 
@@ -108,17 +143,14 @@ flags such as --verbose can be negated with --no-verbose.
   Currently allows locking of any page, other powers may be added later.
   May be specified multiple times for multiple admins.
 
   Currently allows locking of any page, other powers may be added later.
   May be specified multiple times for multiple admins.
 
-* --setup configfile
+* --hyperestraier
 
 
-  In setup mode, ikiwiki reads the config file, which is really a perl
-  program that can call ikiwiki internal functions. Uses of this are
-  various; the normal one is to automatically generate wrappers for a
-  wiki based on data in a config file.
-  
-  Note that the wiki will be (re)built as part of the setup process to
-  ensure that any changes take effect.
+  Enables use of the [[HyperEstraier]] search engine for full test page
+  searches.
 
 
-  [[ikiwiki.setup]] is an example of such a config file.
+* --verbose
+
+  Be vebose about what it's doing.
 
 # AUTHOR
 
 
 # AUTHOR