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@@ -6,16 +6,17 @@ ikiwiki - a wiki compiler
 
 ikiwiki [options] source destination
 
 
 ikiwiki [options] source destination
 
-ikiwiki --setup configfile
+ikiwiki --setup setupfile [options]
 
 # DESCRIPTION
 
 `ikiwiki` is a wiki compiler. It builds static HTML pages for a wiki, from
 
 # DESCRIPTION
 
 `ikiwiki` is a wiki compiler. It builds static HTML pages for a wiki, from
-`source` in the [[Markdown]] language (or others), and writes it out to
+`source` in the [[ikiwiki/Markdown]] language (or others), and writes it out to
 `destination`.
 
 `destination`.
 
-Note that most options can be shortened to single letters, and boolean
-flags such as --verbose can be negated with --no-verbose.
+Note that most options can be shortened to single letters, boolean
+flags such as --verbose can be negated with --no-verbose, and
+options such as --verbose can also be spelled like -verbose.
 
 # MODE OPTIONS
 
 
 # MODE OPTIONS
 
@@ -24,17 +25,53 @@ These options control the mode that ikiwiki operates in.
 * --refresh
 
   Refresh the wiki, updating any changed pages. This is the default
 * --refresh
 
   Refresh the wiki, updating any changed pages. This is the default
-  behavior so you don't normally need to specify it.
+  behavior if no other mode action is specified (but note that --setup is
+  a mode action, and has different default behavior).
 
 * --rebuild
 
   Force a rebuild of all pages.
 
 
 * --rebuild
 
   Force a rebuild of all pages.
 
+* --setup setupfile
+
+  Load options from the given setup file. If no other mode action is specified,
+  generate wrappers and rebuild the wiki, as if --rebuild --wrappers were used.
+  If you only want to build any changed pages, you can use --refresh with
+  --setup.
+
+* --changesetup setupfile
+
+  Reads the setup file, adds any configuration changes specified by other
+  options, and writes the new configuration back to the setup file. Also
+  updates any configured wrappers. In this mode, the wiki is not fully
+  rebuilt, unless you also add --rebuild.
+
+  Example, to enable some plugins:
+
+       ikiwiki --changesetup ~/ikiwiki.setup --plugin goodstuff --plugin calendar
+
+* --dumpsetup setupfile
+
+  Causes ikiwiki to write to the specified setup file, dumping out
+  its current configuration.
+
+* --wrappers
+
+  If used with --setup --refresh, this makes it also update any configured
+  wrappers.
+
+* --clean
+
+  This makes ikiwiki clean up by removing any files it generated in the
+  `destination` directory, as well as any configured wrappers, and the
+  `.ikiwiki` state directory. This is mostly useful if you're running
+  ikiwiki in a Makefile to build documentation and want a corresponding
+  `clean` target.
+
 * --cgi
 
   Enable [[CGI]] mode. In cgi mode ikiwiki runs as a cgi script, and
 * --cgi
 
   Enable [[CGI]] mode. In cgi mode ikiwiki runs as a cgi script, and
-  supports editing pages, signing in, registration, and displaying
-  [[RecentChanges]].
+  supports editing pages, signing in, and registration.
 
   To use ikiwiki as a [[CGI]] program you need to use --wrapper or --setup
   to generate a wrapper. The wrapper will generally need to run suid 6755 to
 
   To use ikiwiki as a [[CGI]] program you need to use --wrapper or --setup
   to generate a wrapper. The wrapper will generally need to run suid 6755 to
@@ -51,23 +88,6 @@ These options control the mode that ikiwiki operates in.
 
   Note that the generated wrapper will ignore all command line parameters.
 
 
   Note that the generated wrapper will ignore all command line parameters.
 
-* --setup configfile
-
-  In setup mode, ikiwiki reads the config file, which is really a perl
-  program that can call ikiwiki internal functions.
-
-  [[ikiwiki.setup]] is an example of such a config file.
-
-  The default action when --setup is specified is to automatically generate
-  wrappers for a wiki based on data in a config file, and rebuild the wiki.
-  If you only want to build any changed pages, you can use --refresh with
-  --setup.
-
-* --wrappers
-
-  If used with --setup --refresh, this makes it also update any configured
-  wrappers.
-
 * --aggregate
 
   If the [[plugins/aggregate]] plugin is enabled, this makes ikiwiki poll
 * --aggregate
 
   If the [[plugins/aggregate]] plugin is enabled, this makes ikiwiki poll
@@ -101,20 +121,27 @@ These options control the mode that ikiwiki operates in.
 # CONFIG OPTIONS
 
 These options configure the wiki. Note that [[plugins]] can add additional
 # CONFIG OPTIONS
 
 These options configure the wiki. Note that [[plugins]] can add additional
-configuration options of their own.
+configuration options of their own. All of these options and more besides can
+also be configured using a setup file.
 
 
-* --wikiname
+* --wikiname name
 
   The name of the wiki, default is "wiki".
 
 
   The name of the wiki, default is "wiki".
 
-* --templatedir
+* --templatedir dir
 
 
-  Specify the directory that the page [[templates|wikitemplates]] are stored in.
+  Specify the directory that [[templates|templates]] are stored in.
   Default is `/usr/share/ikiwiki/templates`, or another location as configured at
   build time. If the templatedir is changed, missing templates will still
   Default is `/usr/share/ikiwiki/templates`, or another location as configured at
   build time. If the templatedir is changed, missing templates will still
-  be searched for in the default location as a fallback.
+  be searched for in the default location as a fallback. Templates can also be
+  placed in the "templates/" subdirectory of the srcdir.
 
 
-* --underlaydir
+  Note that if you choose to copy and modify ikiwiki's templates, you will need
+  to be careful to keep them up to date when upgrading to new versions of
+  ikiwiki. Old versions of templates do not always work with new ikiwiki
+  versions.
+
+* --underlaydir dir
 
   Specify the directory that is used to underlay the source directory.
   Source files will be taken from here unless overridden by a file in the
 
   Specify the directory that is used to underlay the source directory.
   Source files will be taken from here unless overridden by a file in the
@@ -125,10 +152,13 @@ configuration options of their own.
 
   Specify a mode to chmod the wrapper to after creating it.
 
 
   Specify a mode to chmod the wrapper to after creating it.
 
-* --notify, --no-notify
+* --wrappergroup group
 
 
-  Enable email notification of commits. This should be used when running
-  ikiwiki as a [[post-commit]] hook.
+  Specify what unix group the wrapper should be owned by. This can be
+  useful if the wrapper needs to be owned by a group other than the default.
+  For example, if a project has a repository with multiple committers with
+  access controlled by a group, it makes sense for the ikiwiki wrappers
+  to run setgid to that group.
 
 * --rcs=svn|git|.., --no-rcs
 
 
 * --rcs=svn|git|.., --no-rcs
 
@@ -138,15 +168,13 @@ configuration options of their own.
   whatever the revision control system you select uses.
 
   In [[CGI]] mode, with a revision control system enabled, pages edited via
   whatever the revision control system you select uses.
 
   In [[CGI]] mode, with a revision control system enabled, pages edited via
-  the web will be committed. Also, the [[RecentChanges]] link will be placed
-  on pages.
+  the web will be committed.
 
   No revision control is enabled by default.
 
 * --svnrepo /svn/wiki
 
 
   No revision control is enabled by default.
 
 * --svnrepo /svn/wiki
 
-  Specify the location of the svn repository for the wiki. This is required
-  for using --notify with [[Subversion|rcs/svn]].
+  Specify the location of the svn repository for the wiki.
 
 * --svnpath trunk
 
 
 * --svnpath trunk
 
@@ -157,13 +185,25 @@ configuration options of their own.
 
 * --rss, --norss
 
 
 * --rss, --norss
 
-  If rss is set, ikiwiki will generate RSS feeds for pages that inline
-  a [[blog]].
+  If rss is set, ikiwiki will default to generating RSS feeds for pages
+  that inline a [[blog]].
+
+* --allowrss
+
+  If allowrss is set, and rss is not set, ikiwiki will not default to
+  generating RSS feeds, but setting `rss=yes` in the inline directive can
+  override this default and generate a feed.
 
 * --atom, --noatom
 
 
 * --atom, --noatom
 
-  If atom is set, ikiwiki will generate Atom feeds for pages that inline
-  a [[blog]].
+  If atom is set, ikiwiki will default to generating Atom feeds for pages
+  that inline a [[blog]].
+
+* --allowatom
+
+  If allowatom is set, and rss is not set, ikiwiki will not default to
+  generating Atom feeds, but setting `atom=yes` in the inline directive can
+  override this default and generate a feed.
 
 * --pingurl URL
 
 
 * --pingurl URL
 
@@ -205,11 +245,22 @@ configuration options of their own.
   Specifies a rexexp of source files to exclude from processing.
   May be specified multiple times to add to exclude list.
 
   Specifies a rexexp of source files to exclude from processing.
   May be specified multiple times to add to exclude list.
 
+* --include regexp
+
+  Specifies a rexexp of source files, that would normally be excluded,
+  but that you wish to include in processing.
+  May be specified multiple times to add to include list.
+
 * --adminuser name
 
 * --adminuser name
 
-  Specifies a username of a user who has the powers of a wiki admin.
-  Currently allows locking of any page; other powers may be added later.
-  May be specified multiple times for multiple admins.
+  Specifies a username of a user (or, if openid is enabled, an openid) 
+  who has the powers of a wiki admin. Currently allows locking of any page,
+  and [[banning|banned_users]] users, as well as powers granted by
+  enabled plugins (such as [[moderating comments|plugins/moderatedcomments]] 
+  and [[plugins/websetup]]. May be specified multiple times for multiple
+  admins.
+
+  For an openid user specify the full URL of the login, including "http://".
 
 * --plugin name
 
 
 * --plugin name
 
@@ -225,8 +276,8 @@ configuration options of their own.
 
   Makes ikiwiki look in the specified directory first, before the regular
   locations when loading library files and plugins. For example, if you set
 
   Makes ikiwiki look in the specified directory first, before the regular
   locations when loading library files and plugins. For example, if you set
-  libdir to "/home/you/.ikiwiki/", you can install a Foo.pm plugin as
-  "/home/you/.ikiwiki/IkiWiki/Plugin/Foo.pm".
+  libdir to "/home/you/.ikiwiki/", you can install a foo.pm plugin as
+  "/home/you/.ikiwiki/IkiWiki/Plugin/foo.pm".
 
 * --discussion, --no-discussion
 
 
 * --discussion, --no-discussion
 
@@ -266,6 +317,11 @@ configuration options of their own.
 
   Toggle creating output files named page/index.html (default) instead of page.html.
 
 
   Toggle creating output files named page/index.html (default) instead of page.html.
 
+* --prefix-directives, --no-prefix-directives
+
+  Toggle new '!'-prefixed syntax for preprocessor directives.  ikiwiki currently
+  defaults to --prefix-directives.
+
 * --w3mmode, --no-w3mmode
 
   Enable [[w3mmode]], which allows w3m to use ikiwiki as a local CGI script,
 * --w3mmode, --no-w3mmode
 
   Enable [[w3mmode]], which allows w3m to use ikiwiki as a local CGI script,
@@ -277,28 +333,69 @@ configuration options of their own.
   intercepted. If you enable this option then you must run at least the 
   CGI portion of ikiwiki over SSL.
 
   intercepted. If you enable this option then you must run at least the 
   CGI portion of ikiwiki over SSL.
 
-* --getctime
+* --gettime, --no-gettime
 
 
-  Pull last changed time for each new page out of the revision control
-  system. This rarely used option provides a way to get the real creation
-  times of items in weblogs, such as when building a wiki from a new
-  Subversion checkout. It is unoptimised and quite slow. It is best used
-  with --rebuild, to force ikiwiki to get the ctime for all pages.
+  Extract creation and modification times for each new page from the
+  the revision control's log. This is done automatically when building a
+  wiki for the first time, so you normally do not need to use this option.
 
 * --set var=value
   
   This allows setting an arbitrary configuration variable, the same as if it
 
 * --set var=value
   
   This allows setting an arbitrary configuration variable, the same as if it
-  were set via a configuration file. Since most options can be configured
-  using command-line switches, you will rarely need to use this, but it can be
-  useful for the odd option that lacks a command-line switch.
+  were set via a setup file. Since most commonly used options can be
+  configured using command-line switches, you will rarely need to use this.
+
+* --set-yaml var=value
+
+  This is like --set, but it allows setting configuration variables that
+  use complex data structures, by passing in a YAML document.
+
+# EXAMPLES
+
+* ikiwiki --setup my.setup
+
+  Completely (re)build the wiki using the specified setup file.
+
+* ikiwiki --setup my.setup --refresh
+
+  Refresh the wiki, using settings from my.setup, and avoid
+  rebuilding any pages that have not changed. This is faster.
+
+* ikiwiki --setup my.setup --refresh --wrappers
+
+  Refresh the wiki, including regenerating all wrapper programs,
+  but do not rebuild all pages. Useful if you have changed something
+  in the setup file that does not need a full wiki rebuild to update
+  all pages, but that you want to immediately take effect.
+
+* ikiwiki --rebuild srcdir destdir
+
+  Use srcdir as source and build HTML in destdir, without using a
+  setup file.
+
+* ikiwiki srcdir destdir
+
+  Use srcdir as source to update changed pages' HTML in destdir,
+  without using a setup file.
+
+# ENVIRONMENT
+
+* CC
+
+  This controls what C compiler is used to build wrappers. Default is 'cc'.
+
+* CFLAGS
+
+  This can be used to pass options to the C compiler when building wrappers.
 
 # SEE ALSO
 
 * [[ikiwiki-mass-rebuild]](8)
 * [[ikiwiki-update-wikilist]](1)
 
 # SEE ALSO
 
 * [[ikiwiki-mass-rebuild]](8)
 * [[ikiwiki-update-wikilist]](1)
+* [[ikiwiki-transition]](1)
 
 # AUTHOR
 
 Joey Hess <joey@ikiwiki.info>
 
 
 # AUTHOR
 
 Joey Hess <joey@ikiwiki.info>
 
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