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@@ -6,12 +6,12 @@ ikiwiki - a wiki compiler
 
 ikiwiki [options] source destination
 
-ikiwiki --setup configfile
+ikiwiki --setup setupfile
 
 # DESCRIPTION
 
-`ikiwiki` is a wiki compiler. It builds static html pages for a wiki, from
-`source` in the [[MarkDown]] language (or others), and writes it out to
+`ikiwiki` is a wiki compiler. It builds static HTML pages for a wiki, from
+`source` in the [[ikiwiki/Markdown]] language (or others), and writes it out to
 `destination`.
 
 Note that most options can be shortened to single letters, and boolean
@@ -19,7 +19,7 @@ flags such as --verbose can be negated with --no-verbose.
 
 # MODE OPTIONS
 
-These options control the mode that ikiwiki is operating in.
+These options control the mode that ikiwiki operates in.
 
 * --refresh
 
@@ -30,11 +30,46 @@ These options control the mode that ikiwiki is operating in.
 
   Force a rebuild of all pages.
 
+* --setup setupfile
+
+  The default action when --setup is specified is to automatically generate
+  wrappers for a wiki based on data in a setup file, and rebuild the wiki.
+  If you only want to build any changed pages, you can use --refresh with
+  --setup.
+
+* --changesetup setupfile
+
+  Reads the setup file, adds any configuration changes specified by other
+  options, and writes the new configuration back to the setup file. Also
+  updates any configured wrappers. In this mode, the wiki is not fully
+  rebuilt, unless you also add --rebuild.
+
+  Example, to enable some plugins:
+
+       ikiwiki --changesetup ~/ikiwiki.setup --plugin goodstuff --plugin calendar
+
+* --dumpsetup setupfile
+
+  Causes ikiwiki to write to the specified setup file, dumping out
+  its current configuration.
+
+* --wrappers
+
+  If used with --setup --refresh, this makes it also update any configured
+  wrappers.
+
+* --clean
+
+  This makes ikiwiki clean up by removing any files it generated in the
+  `destination` directory, as well as any configured wrappers, and the
+  `.ikiwiki` state directory. This is mostly useful if you're running
+  ikiwiki in a Makefile to build documentation and want a corresponding
+  `clean` target.
+
 * --cgi
 
   Enable [[CGI]] mode. In cgi mode ikiwiki runs as a cgi script, and
-  supports editing pages, signing in, registration, and displaying
-  [[RecentChanges]].
+  supports editing pages, signing in, and registration.
 
   To use ikiwiki as a [[CGI]] program you need to use --wrapper or --setup
   to generate a wrapper. The wrapper will generally need to run suid 6755 to
@@ -51,23 +86,6 @@ These options control the mode that ikiwiki is operating in.
 
   Note that the generated wrapper will ignore all command line parameters.
 
-* --setup configfile
-
-  In setup mode, ikiwiki reads the config file, which is really a perl
-  program that can call ikiwiki internal functions.
-
-  [[ikiwiki.setup]] is an example of such a config file.
-
-  The default action when --setup is specified is to automatically generate
-  wrappers for a wiki based on data in a config file, and rebuild the wiki.
-  If you only want to build any changed pages, you can use --refresh with
-  --setup.
-
-* --wrappers
-
-  If used with --setup --refresh, this makes it also update any configured
-  wrappers.
-
 * --aggregate
 
   If the [[plugins/aggregate]] plugin is enabled, this makes ikiwiki poll
@@ -86,27 +104,42 @@ These options control the mode that ikiwiki is operating in.
 
        ikiwiki --setup ~/ikiwiki.setup --render foo.mdwn
 
+* --post-commit
+
+  Run in post-commit mode, the same as if called by a [[post-commit]] hook.
+  This is probably only useful when using ikiwiki with a web server on one host
+  and a repository on another, to allow the repository's real post-commit
+  hook to ssh to the web server host and manually run ikiwiki to update
+  the web site.
+
 * --version
 
-  Print ikiwiki version number.
+  Print ikiwiki's version number.
 
 # CONFIG OPTIONS
 
 These options configure the wiki. Note that [[plugins]] can add additional
-configuration options of their own.
+configuration options of their own. All of these options and more besides can
+also be configured using a setup file.
 
-* --wikiname
+* --wikiname name
 
   The name of the wiki, default is "wiki".
 
-* --templatedir
+* --templatedir dir
 
-  Specify the directory that the page [[templates]] are stored in. Default
-  is `/usr/share/ikiwiki/templates`, or another location as configured at
+  Specify the directory that [[templates|templates]] are stored in.
+  Default is `/usr/share/ikiwiki/templates`, or another location as configured at
   build time. If the templatedir is changed, missing templates will still
-  be searched for in the default location as a fallback.
+  be searched for in the default location as a fallback. Templates can also be
+  placed in the "templates/" subdirectory of the srcdir.
 
-* --underlaydir
+  Note that if you choose to copy and modify ikiwiki's templates, you will need
+  to be careful to keep them up to date when upgrading to new versions of
+  ikiwiki. Old versions of templates do not always work with new ikiwiki
+  versions.
+
+* --underlaydir dir
 
   Specify the directory that is used to underlay the source directory.
   Source files will be taken from here unless overridden by a file in the
@@ -117,126 +150,154 @@ configuration options of their own.
 
   Specify a mode to chmod the wrapper to after creating it.
 
-* --notify
-
-  Enable email notification of commits. This should be used when running
-  ikiwiki as a [[post-commit]] hook.
-
-* --rcs=svn, --no-rcs
-
-  Enable or disable use of a revision control system.
+* --wrappergroup group
 
-  If you use svn, the `source` directory is assumed to be
-  a [[Subversion]] working copy.
+  Specify what unix group the wrapper should be owned by. This can be
+  useful if the wrapper needs to be owned by a group other than the default.
+  For example, if a project has a repository with multiple committers with
+  access controlled by a group, it makes sense for the ikiwiki wrappers
+  to run setgid to that group.
 
-  If you use git, the `source` directory is assumed to be a clone of the
-  [[git]] repository.
+* --rcs=svn|git|.., --no-rcs
 
-  If you use tla, the `source` directory is assumed to be a tla import.
+  Enable or disable use of a [[revision_control_system|rcs]].
 
-  If you use mercurial, the `source` directory is assumed to be the
-  [[mercurial]] repository.
+  The `source` directory will be assumed to be a working copy, or clone, or
+  whatever the revision control system you select uses.
 
-  In [[CGI]] mode, with a revision control system enabled pages edited via
-  the web will be committed. Also, the [[RecentChanges]] link will be placed
-  on pages.
+  In [[CGI]] mode, with a revision control system enabled, pages edited via
+  the web will be committed.
 
   No revision control is enabled by default.
 
 * --svnrepo /svn/wiki
 
-  Specify the location of the svn repository for the wiki. This is required
-  for using --notify with [[subversion]].
+  Specify the location of the svn repository for the wiki.
 
 * --svnpath trunk
 
-  Specify the path inside your svn reporistory where the wiki is located.
-  This defaults to trunk; change it if your wiki is at some other location
-  inside the repository.
+  Specify the path inside your svn repository where the wiki is located.
+  This defaults to `trunk`; change it if your wiki is at some other path
+  inside the repository. If your wiki is rooted at the top of the repository,
+  set svnpath to "".
 
-* --anonok, --noanonok
-
-  If anonok is set, it will allow anonymous web users, who have not signed in, to make changes to the wiki.
+* --rss, --norss
 
-  By default, anonymous users cannot edit the wiki.
+  If rss is set, ikiwiki will default to generating RSS feeds for pages
+  that inline a [[blog]].
 
-* --rss, --norss
+* --allowrss
 
-  If rss is set, ikiwiki will generate RSS feeds for pages that inline
-  a [[blog]].
+  If allowrss is set, and rss is not set, ikiwiki will not default to
+  generating RSS feeds, but setting `rss=yes` in the inline directive can
+  override this default and generate a feed.
 
 * --atom, --noatom
 
-  If atom is set, ikiwiki will generate Arom feeds for pages that inline
-  a [[blog]].
+  If atom is set, ikiwiki will default to generating Atom feeds for pages
+  that inline a [[blog]].
+
+* --allowatom
+
+  If allowatom is set, and rss is not set, ikiwiki will not default to
+  generating Atom feeds, but setting `atom=yes` in the inline directive can
+  override this default and generate a feed.
 
-* --pingurl url
+* --pingurl URL
 
-  Set this to the url to an XML-RPC service to ping when an RSS feed is
-  updated. For example, to ping Technorati, use the url
+  Set this to the URL of an XML-RPC service to ping when an RSS feed is
+  updated. For example, to ping Technorati, use the URL
   http://rpc.technorati.com/rpc/ping
 
   This parameter can be specified multiple times to specify more than one
-  url to ping.
+  URL to ping.
 
-* --url url
+* --url URL
 
-  Specifies the url to the wiki. This is a required parameter in [[CGI]] mode.
+  Specifies the URL to the wiki. This is a required parameter in [[CGI]] mode.
 
-* --cgiurl http://url/ikiwiki.cgi
+* --cgiurl http://example.org/ikiwiki.cgi
 
-  Specifies the url to the ikiwiki [[CGI]] script wrapper. Required when
+  Specifies the URL to the ikiwiki [[CGI]] script wrapper. Required when
   building the wiki for links to the cgi script to be generated.
 
-* --historyurl url
+* --historyurl URL
 
-  Specifies the url to link to for page history browsing. In the url,
+  Specifies the URL to link to for page history browsing. In the URL,
   "\[[file]]" is replaced with the file to browse. It's common to use
-  [[ViewCVS]] for this.
+  [[ViewVC]] for this.
 
-* --adminemail you@yourhost
+* --adminemail you@example.org
 
   Specifies the email address that ikiwiki should use for sending email.
 
-* --diffurl url
+* --diffurl URL
 
-  Specifies the url to link to for a diff of changes to a page. In the url,
+  Specifies the URL to link to for a diff of changes to a page. In the URL,
   "\[[file]]" is replaced with the file to browse, "\[[r1]]" is the old
   revision of the page, and "\[[r2]]" is the new revision. It's common to use
-  [[ViewCVS]] for this.
+  [[ViewVC]] for this.
 
 * --exclude regexp
 
   Specifies a rexexp of source files to exclude from processing.
   May be specified multiple times to add to exclude list.
 
+* --include regexp
+
+  Specifies a rexexp of source files, that would normally be excluded,
+  but that you wish to include in processing.
+  May be specified multiple times to add to include list.
+
 * --adminuser name
 
-  Specifies a username of a user who has the powers of a wiki admin.
-  Currently allows locking of any page, other powers may be added later.
-  May be specified multiple times for multiple admins.
+  Specifies a username of a user (or, if openid is enabled, an openid) 
+  who has the powers of a wiki admin. Currently allows locking of any page,
+  and [[banning|banned_users]] users, as well as powers granted by
+  enabled plugins (such as [[moderating comments|plugins/moderatedcomments]] 
+  and [[plugins/websetup]]. May be specified multiple times for multiple
+  admins.
+
+  For an openid user specify the full URL of the login, including "http://".
 
 * --plugin name
 
   Enables the use of the specified [[plugin|plugins]] in the wiki. 
-  Note that plugin names are case sensative.
+  Note that plugin names are case sensitive.
 
 * --disable-plugin name
 
   Disables use of a plugin. For example "--disable-plugin htmlscrubber"
-  to do away with html sanitization.
+  to do away with HTML sanitization.
+
+* --libdir directory
+
+  Makes ikiwiki look in the specified directory first, before the regular
+  locations when loading library files and plugins. For example, if you set
+  libdir to "/home/you/.ikiwiki/", you can install a foo.pm plugin as
+  "/home/you/.ikiwiki/IkiWiki/Plugin/foo.pm".
 
 * --discussion, --no-discussion
 
   Enables or disables "Discussion" links from being added to the header of
   every page. The links are enabled by default.
 
+* --numbacklinks n
+
+  Controls how many backlinks should be displayed at the bottom of a page.
+  Excess backlinks will be hidden in a popup. Default is 10. Set to 0 to
+  disable this feature.
+
 * --userdir subdir
 
   Optionally, allows links to users of the wiki to link to pages inside a
   subdirectory of the wiki. The default is to link to pages in the toplevel
   directory of the wiki.
 
+* --htmlext html
+
+  Configures the extension used for generated html files. Default is "html".
+
 * --timeformat format
 
   Specify how to display the time or date. The format string is passed to the
@@ -248,7 +309,16 @@ configuration options of their own.
 
 * --syslog, --no-syslog
 
-  Log to syslog.
+  Log to syslog(3).
+
+* --usedirs, --no-usedirs
+
+  Toggle creating output files named page/index.html (default) instead of page.html.
+
+* --prefix-directives, --no-prefix-directives
+
+  Toggle new '!'-prefixed syntax for preprocessor directives.  ikiwiki currently
+  defaults to --prefix-directives.
 
 * --w3mmode, --no-w3mmode
 
@@ -261,16 +331,59 @@ configuration options of their own.
   intercepted. If you enable this option then you must run at least the 
   CGI portion of ikiwiki over SSL.
 
-* --getctime
+* --gettime, --no-gettime
+
+  Extract creation and modification times for each new page from the
+  the revision control's log. This is done automatically when building a
+  wiki for the first time, so you normally do not need to use this option.
+
+* --set var=value
+  
+  This allows setting an arbitrary configuration variable, the same as if it
+  were set via a setup file. Since most commonly used options can be
+  configured using command-line switches, you will rarely need to use this.
+
+* --set-yaml var=value
+
+  This is like --set, but it allows setting configuration variables that
+  use complex data structures, by passing in a YAML document.
+
+# EXAMPLES
+
+* ikiwiki --setup my.setup
+
+  Completely (re)build the wiki using the specified setup file.
+
+* ikiwiki --setup my.setup --refresh
+
+  Refresh the wiki, using settings from my.setup, and avoid
+  rebuilding any pages that have not changed. This is faster.
+
+* ikiwiki --setup my.setup --refresh --wrappers
+
+  Refresh the wiki, including regnerating all wrapper programs,
+  but do not rebuild all pages. Useful if you have changed something
+  in the setup file that does not need a full wiki rebuild to update
+  all pages, but that you want to immediatly take effect.
+
+# ENVIRONMENT
+
+* CC
+
+  This controls what C compiler is used to build wrappers. Default is 'cc'.
+
+* CFLAGS
+
+  This can be used to pass options to the C compiler when building wrappers.
+
+# SEE ALSO
 
-  Pull last changed time for each new page out of the revision control
-  system. This rarely used option provides a way to get the real creation
-  times of items in weblogs, for example when building a wiki from a new
-  subversion checkout. It is unoptimised and quite slow. It is best used
-  with --rebuild, to force ikiwiki to get the ctime for all pages.
+* [[ikiwiki-mass-rebuild]](8)
+* [[ikiwiki-update-wikilist]](1)
+* [[ikiwiki-transition]](1)
 
 # AUTHOR
 
-Joey Hess <joey@kitenet.net>
+Joey Hess <joey@ikiwiki.info>
 
-Warning: this page is automatically made into ikiwiki's man page, edit with care
+Warning: Automatically converted into a man page by mdwn2man. Edit with care